Cartelle
IsoBuster usa delle cartelle temporanee per diverse ragioni: quando si esegue un programma, il file viene estratto nella cartella temporanea, da dove è lanciato; quando un file viene trascinato, esso è prima estratto nella cartella temporanea e poi Windows lo sposta nella destinazione scelta. Questo a causa dell'archietettura di Windows: quando si trascina da una applicazione, essa non ha mezzi per sapere dove Windows vuole spostare il file. Così l'unico modo per aggirare il problema è di estrarre il file in una locazione temporanea e poi permettere a Windows di spostarlo (altri software, come Winzip, operano allo stesso modo); per scrivere piccoli file di testo usati nella finestra di Editor, come gli elenchi.
La possibilità di scegliere una cartella diversa da quella temporanea di sistema dà il controllo totale sulle locazioni usate da IsoBuster.